SAA est victime des condamnations internationales du régime d'apartheid au cours des années 1980. Ses bureaux à l'étranger sont attaqués et ses liaisons avec les États-Unis sont interrompues en 1986.
En 1987, les liaisons avec Perth et Sydney en Australie prennent fin pour des raisons politiques (opposition du gouvernement australien à l'apartheid).
Après l'arrivée au pouvoir de Frederik de Klerk et la mise en place de négociations afin de démanteler le système d'apartheid, l'étau se desserre autour de SAA qui ouvre de nouveau, progressivement, toutes les destinations qui avaient été interrompues pour des raisons politiques et inaugurent de nouvelles liaisons aériennes en Afrique et en Asie.
Les changements qui surviennent dans la compagnie…
À la fin de l'année 1990, SAA est consacrée comme la meilleure compagnie africaine par le London magazine Executive Travel. En 1991, SAA renouvelle sa flotte et la ligne avec New York est de nouveau ouverte. En 1992, SAA revient en Australie. Elle organise ses premières alliances internationales avec American Airlines et Air Tanzania. Des vols directs sont dorénavant assurés avec Bangkok et Singapour.
La croissance s'accélère en 1993 et 1994. Les vols domestiques sont dorénavant assurés en quatre langues (anglais, zoulou, afrikaans et sotho) alors que sur les vols internationaux, l'afrikaans est abandonné, laissant seuls en usage l'anglais et la langue du lieu de destination de l'avion.
(Les anciennes couleurs et logo de la compagnie.)
En 1997, SAA refait son logo et ses couleurs. Elle abandonne le springbok ailé et les anciennes couleurs nationales (orange, blanc, bleue) au profit des nouvelles couleurs nationales et d'un soleil. Les noms SAA et SAL ne figurent plus sur la carlingue et ont été remplacés par 'South African'.
En 2002, South African Airways achète pour 49 % des parts de la compagnie Air Tanzania.
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